当驾驶员在上海的驾驶证在一个记分周期内被记满12分时，需要按照以下步骤处理：
首先需要处理所有未缴纳的违章罚款。
驾驶员应在15日内到驾驶证核发地或违法行为地的公安机关交通管理部门参加为期7天的道路交通安全法律、法规和相关知识培训。
培训结束后，驾驶员需重新参加科目一考试。考试内容与新驾考学员相同。
考试合格后，记分将被清零，并会发还机动车驾驶证。
如果考试不合格，驾驶员需要继续参加学习和考试。
如果驾驶员拒不参加学习或考试，其驾驶证可能会被公安机关交通管理部门公告停止使用。
请注意，如果在一个记分周期内有两次以上达到12分或者累积记分达到24分以上的，除了参加学习和考试外，还可能需要接受道路驾驶技能考试。