南京汽车年检过期后，车主需要尽快采取以下步骤进行处理：
车主需要准备以下材料以便办理年检手续：
《机动车行驶证》原件
有效的本年度机动车交通事故责任强制保险单正本或副本
有效的本年度车船税纳税或免税证明
本人身份证明原件
若由代理人办理，还需携带代理证明及代理人身份证。
车主可以通过电话或网上预约的方式提前预约年检时间，以便合理安排行程。
按照预约的时间前往指定的车管所或车辆检测站，填写机动车检验标志申请表并取号等待处理。若检测合格，车主需缴纳相关费用并领取机动车检验合格标志。
对于超过年检期一年以内的车辆，去车管部门办理年检手续时，不会面临处罚。
对于超过年检期一年以上的车辆，可能会面临200元罚款并扣3分的处罚。
若车辆超过三个检验周期未进行检验，车辆将被强制注销。
建立提醒机制：
为了避免汽车年检再次过期，车主可以利用手机日历、备忘录等功能，设置提前提醒，确保有足够的时间准备年检。
通过以上步骤，车主可以尽快完成汽车年检，避免因逾期年检带来的麻烦和处罚。