如果您的商调函已经过期，您可以采取以下步骤处理：
联系原开具商调函的人才交流服务中心或相关部门，请求重新开具一张新的商调函。
准备好必要的个人信息和相关文件，以便在申请时提供。
如果商调函过期且档案尚未办理妥当，您应该尽快联系组织部门或干部管理部门咨询。
询问商调函办理的状态，以及是否需要补办其他手续。
如果商调函无法重新开具，或者您无法通过其他方式解决调动问题，您可能需要将档案从人才市场取出。
在取出档案时，请确保选择信誉良好的人才代理机构进行托管或转移。
如果以上步骤都无法解决问题，您可能需要考虑其他职业路径或回到原单位工作。
在此过程中，保持与组织部门的良好沟通，并表现出积极解决问题的态度。
请记住，处理此类问题时保持耐心和礼貌是非常重要的，这有助于您更顺利地解决问题