公司保密的原因主要有以下几点：
商业秘密是公司的重要资产，包括技术配方、客户名单、市场策略等。保密协议可以防止这些信息被泄露给竞争对手，从而保护公司的市场地位和竞争优势。
知识产权包括专利、商标、著作权等，这些都是公司的重要资源。通过保密协议，公司可以确保这些知识产权不被侵犯或滥用。
公开薪酬信息可能导致员工之间的不满和猜疑，影响工作氛围和团队合作。保密薪酬可以减少这种情况的发生，保持员工关系的和谐。
保密协议可以增强员工对公司的忠诚度，因为员工知道自己的薪酬和公司的秘密不会被泄露，从而更有可能为公司长期效力。
根据《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项，违反保密协议的劳动者需要支付违约金。
保密薪酬可以使公司在薪酬谈判中保持灵活性，避免因薪酬信息泄露而增加成本或压力。
保密薪酬有助于保护员工的隐私，有些员工可能不希望他人知道自己的薪酬情况，这可能涉及到个人隐私或其他敏感问题。
综上所述，公司保密主要是为了保护自身的商业秘密和知识产权，防止内部纷争，增强员工忠诚度，并在谈判中保持灵活性。同时，保密协议也有法律依据，并有助于保护员工的隐私。