公司注销时，注册资金的处理方式如下：
如果公司在规定时间内应缴纳的注册资本未缴纳，则必须补缴后才能注销公司。
如果公司没有规定时间来缴纳注册资本，则不需要进行补缴，但未缴纳的注册资本将作为公司注销时的清算财产。
公司在注销清算时，如果发现注册资本不足以清偿债务，股东需承担连带清偿责任。
公司注销前，若协议约定的注册资本期限届满且未全部清偿，则需补缴后才可以注销。
公司注销前需将全部债务结清，所有纠纷应在办理注销申请前解决。
公司注销后会有注销证明，需携带该证明到公司开户行办理账户注销手续，并提供股东身份证、授权书、股东个人银行账号等信息，以查询注册资本是否已退回。
法人需携带国税、地税、银行销户的证明到公司主管工商局办理公司注销备案。
选择当地一家主流报纸，刊登注销公告，登报45日后，法人再次到工商局办理注销申请。
法人还需到质监局注销代码证。
税务部门会进行税收清算，清算后未分配利润部分需按“利息、股息、红利所得”申报个人所得税，其余部分视为“财产转让所得”，需按20%的税率申报个人所得税。
在清偿完所有债务后，剩余的注册资金可以按股东持股比例返还给股东，或依照法定程序进行捐赠。
公司注销后，如果还有备用金和差旅费、员工工资等，可以取出来。如果已注销，不需要再到银行办理注销公司账户，只需处理相关印章和支票即可。
总结：
公司注销时，注册资金的处理需遵循相关法规和程序，包括补缴未缴纳的注册资本、清算财产、处理注销前债务、完成注销手续、公告与登记、税务处理以及剩余资金的处理。确保所有步骤合法合规，以维护公司及其股东的合法权益。