工程交税的去向主要取决于工程所在地和企业的具体情况。以下是几种常见的交税方式：
外地公司在本地做工程应向税务机关备案，并依法缴纳相应税款。在本地做工程应按照本地税收法规进行纳税申报，并当地缴纳相应的税款。具体可以通过网上税务系统或在当地财政和税务机关开设的纳税窗口申报并缴纳税款，也可以通过与当地税务机关签订的委托代征协议，由其代为申报和缴纳税款等。
根据中国税收制度，纳税人在其所在地就地申报纳税。对于建筑安装企业承包建筑安装工程和修理业务，在承包工程所在地纳税。这意味着在工程所在地预缴税款后，企业还需回到企业所在地进行最终的纳税申报。
对于跨地区经营和临时经营的纳税人，其纳税地点根据营业行为所在地确定。例如，临时经营者在营业行为发生地缴纳；固定工商业户总、分支机构不设在同一县（市）的，分别在其营业行为所在地纳税。
对少数中央部、局实行统一核算的生产经营单位，由主管部、局集中纳税。此外，进出口商品的应纳关税，在商品进出口岸地，由收、发货人或其代理人向口岸地海关纳税。
建议
外地施工：建议在工程所在地的区地方税务局（税务所）办理特殊纳税人税务登记，并在工程所在地预缴税款，然后回企业所在地进行申报纳税。
本地施工：可以直接在当地财政和税务机关开设的纳税窗口申报并缴纳税款，或者通过网上税务系统进行申报。
跨地区经营：需要特别注意营业行为所在地的税收规定，确保在工程所在地和企业所在地都按规定缴纳税款。
通过以上方式，可以确保工程交税的准确性和合规性。