如果驾校扣除了你的档案，你可以采取以下措施：
首先，你可以尝试与驾校进行沟通，了解他们为什么要扣除你的档案，并要求他们及时将档案提交到车管所。如果是因为个人原因需要退学，你可以根据合同所签订的条款，要求驾校按照约定进行退费或处理档案事宜。
如果与驾校协商无果，你可以向当地的交通管理部门或道路运输管理机构投诉，并提供相关证据，要求他们介入处理。你还可以拨打12328交通运输服务监督电话进行举报。
如果驾校的行为侵犯了你的合法权益，并且造成了经济损失，你可以通过法律途径向法院提起诉讼，要求驾校赔偿损失。
如果档案丢失，你需要前往当地交通运输管理部门或车管所咨询补办档案的具体流程和所需材料，并按照相关规定进行补办。
在处理此类问题时，建议保留所有相关证据，如合同、缴费记录、沟通记录等，以便在需要时提供证明。同时，保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。