单位大病扣款的计算和扣除方式如下：
企业：以上年度全市职工月平均工资的1%按月缴纳大病医疗统筹费，该费用从职工工资中代扣代缴。
外商投资企业：以上年度全市职工月平均工资的2.5%按月缴纳大病医疗统筹费，该费用从企业中方在职职工工资中代扣代缴。
职工和退休人员：个人以上年度全市职工月平均工资的1%按月缴纳大病医疗统筹费，由企业从职工工资和退休人员工资中代扣代缴。
灵活就业人员：自行向税务部门申报缴纳大病保险费。
起付标准：3000元。
支付比例：
3000元以上至10000元（含10000元）按70%支付。
10000元以上至50000元（含50000元）按80%支付。
50000元以上按85%支付。
年度支付限额：40万元。
扣除标准：在一个纳税年度内，纳税人发生的与基本医保相关的医药费用支出，扣除医保报销后个人负担累计超过15000元的部分，在80000元限额内据实扣除。
扣除对象：纳税人发生的医药费用支出可以选择由本人或其配偶扣除；未成年子女发生的医药费用支出可以选择由其父母一方扣除。
扣除时间：在次年3月1日至6月30日内，自行向汇缴地主管税务机关办理汇算清缴申报时扣除。
建议
企业和员工：确保按时足额缴纳大病医疗统筹费，以便员工能够享受相关待遇。
灵活就业人员：自行向税务部门申报缴纳大病保险费，确保及时保障自身权益。
纳税人：在办理年度汇算清缴时，仔细核对医药费用支出和相关证明材料，确保合规享受大病医疗专项附加扣除。