家庭教会的管理主要依据《宗教事务条例》，由 县级人民政府宗教事务部门负责。具体来说，如果家庭教会希望进行宗教活动，应当向当地的县级人民政府宗教事务部门提出申请，并按照相关规定办理宗教活动场所的设立审批和登记手续。
尽管家庭教会在法律上没有得到正式认可，但根据《中华人民共和国宪法》第三十六条，公民有宗教信仰自由，国家保护正常的宗教活动。因此，家庭教会在不违反国家法律的前提下，可以继续进行宗教活动，但必须遵守相关法律法规，如未经登记不得进行宗教活动。
此外，根据一些地方政府的具体规定，如果当地没有宗教团体，可以由市级宗教团体代为申请宗教场所。个人则没有此权限。
综上所述，家庭教会的管理主要归县级人民政府宗教事务部门负责，同时公民有宗教信仰自由，国家保护正常的宗教活动。建议家庭教会在进行宗教活动时，务必依法申请登记，以确保合法合规。