员工因病住院治疗期间，用人单位可以按照以下比例扣除工资：
一般情况下，用人单位可以按照员工正常工作时间工资的60%支付病伤假期工资，但这个比例不能低于当地最低工资标准的80%。
员工疾病或非因工负伤连续休假在6个月以内的，企业应按下列标准支付疾病休假工资：
连续工龄不满2年的，按本人工资的60%计发；
连续工龄满2年不满4年的，按本人工资的70%计发；
连续工龄满4年不满6年的，按本人工资的80%计发；
连续工龄满6年不满8年的，按本人工资的90%计发；
连续工龄满8年及以上的，按本人工资的100%计发。
职工疾病或非因工负伤连续休假超过6个月的，由企业支付疾病救济费：
连续工龄不满1年的，按本人工资的40%计发；
连续工龄满1年不满3年的，按本人工资的50%计发；
连续工龄满3年及以上的，按本人工资的60%计发。
建议
用人单位在制定病假工资政策时，应严格遵守当地法律法规，确保病假工资不低于法定最低工资标准。
对于工伤住院治疗的情况，用人单位不得以任何理由扣除员工的薪资。
病假工资的具体计算应依据员工的连续工龄和当地的具体规定进行，以确保公平合理。