分公司应当 向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。具体来说：
若分公司已办理税务登记，则其为独立的增值税纳税人，应单独申报缴纳增值税，需向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。若未办理税务登记，则由总机构汇总缴纳增值税。
总分公司在所得税上算作同一个纳税主体，即“汇总纳税”。如果总分公司在同一个省，由总部统一缴纳企业所得税。如果跨省，需要统一计算之后再按照一定的比例分头缴纳，需在电子税务局办理备案。
如城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加等，一般根据增值税或消费税的缴纳情况，在分公司所在地进行申报缴纳。印花税、房产税、土地使用税等则根据分公司的实际情况，在所在地申报纳税。
建议：
分公司应确保在其机构所在地的主管税务机关进行税务申报和缴纳，以符合相关税法规定。
若总机构和分支机构不在同一县（市），则应分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。
若需汇总缴纳企业所得税，应按规定办理备案手续。