公诉科在办理案件过程中，需要制作和整理的笔录主要包括以下几类：
讯问笔录是在刑事诉讼活动中，司法人员对犯罪嫌疑人进行讯问时所作的文字记录。讯问笔录应详细记录讯问的时间、地点、方式、参与人员、讯问内容以及犯罪嫌疑人的陈述和辩解等内容，作为证据使用。
询问笔录是司法人员在刑事诉讼活动中，就询问证人、被害人的过程及内容所作的文字记录。询问笔录应如实记录被询问人提供的证言，并允许被询问人核对和更正笔录内容，最终由被询问人签字确认。
勘验、检查笔录是司法人员在对案件现场或物品进行勘验、检查时所作的文字记录，用于记录勘验、检查的过程、结果及所发现的情况。
鉴定结论是专业机构或人员对案件中的专门性问题进行检验、分析后所作出的结论性意见，作为证据使用。
案卷材料包括举报、揭发、控告材料，以及各类法律文书和证据材料，如起诉书、不起诉决定书、逮捕意见书等，这些材料在案件审查过程中起到重要的参考和依据作用。
在法庭审理过程中，公诉人员需要记录庭审的过程和证据，包括当事人的陈述、证人的证言、法官的提问和裁决等，作为案件审理的重要依据。
通过以上笔录的制作和整理，公诉科能够全面、准确地掌握案件情况，为案件的起诉和审理提供充分的法律依据和证据支持。